Logistiken för biogödsel från det den går ut från rötkammaren till att den sprids på åkern varierar mellan de olika biogasanläggningarna. På de större anläggningarna, samrötningsanläggningarna, korttidslagrar anläggningen huvudsakligen biogödsel först i egna brunnar. De anläggningar som tar emot stallgödsel återsänder i regel samma volym biogödsel i ett så kallat återsändningsavtal.

Biogödsel transporteras sedan vidare till externa befintliga brunnar på aktiva eller nedlagda djurgårdar eller till nybyggda brunnar som ligger i anslutning till lämplig spridningsareal. Brunnarna byggs och ägs ofta av lantbrukarna men det förekommer även att anläggningarna bygger nya externa brunnar.

Tankbilarna som transporterar biogödsel är ofta stora och tunga. De stora ekipagen kräver att lagringsbehållaren är lätt att nå oavsett väderlek. Tillfartsvägarna ska ha bra bärighet och vara tillräckligt breda. Träd och buskar intill vägen måste hållas efter. Bra ytor runt behållaren som underlättar för fordonen att vända eller passera är viktigt.

Spridningen ansvarar lantbrukaren själv för eller med hjälp av en maskinstation.