Det finns idag möjlighet för biogasanläggningar att certifiera sin biogödsel enligt ett kvalitetssystem som heter Certifierad återvinning av biogödsel, SPCR 120. Certifieringssystemet innebär att kvaliteten på biogödseln säkras och att anläggningarna revideras av extern kontrollant. I certifieringssystemet synar man hela kedjan från råvara till slutprodukt, så att en certifierad biogödsel uppfyller högt ställda krav på bland annat smittskydd, ursprung och lågt metallinnehåll.

Certifieringssystemet Certifierad återvinning startade år 1999. Certifieringen är frivillig och bygger på öppenhet mot kunden genom noggrann kvalitetsdokumentation och fri insyn vad gäller produktens kvalitet. Varumärket "Certifierad återvinning" ägs av Avfall Sverige.