Hanteringen av animaliska biprodukter (ABP) och organiska gödselprodukter regleras av ABP-lagstiftningen. Förutsatt att ABP-material har använts i rötningsprocessen så påverkar ABP-förordningarna delar av distributionskedjan.

Anläggningar inom kategori A och B (större biogasanläggningar) som hanterar råvaror som regleras av ABP-lagstiftningen får inte använda samma fordon för transport av råvara till anläggningen och biogödsel ut från anläggningen om inte fordonet mellan ut- och inlastning genomgått utvändig rengöring och desinfektion. Behållare som används både för in- och uttransport måste även rengöras och desinfekteras invändigt. Ett undantag från dessa regler är när stallgödsel hämtas från en specifik gård och levereras till biogasanläggningen. Därefter kan fordonet fyllas med biogödsel och leverera tillbaka till samma gård.