När råvarorna i processen utgörs av organiskt material från livsmedel- och/eller foderkedjan t ex rena källsorterade avfallsslag, stallgödsel, grödor och skörderester kallar man denna gödningsprodukt biogödsel. I biogödsel finns det alltså inte rötslam från avloppsreningsverk.

Den mesta biogödseln produceras i så kallade samrötningsanläggningar. En samrötningsanläggning är en anläggning som rötar olika typer av organiskt material, dock inte avloppsslam. Det finns ofta krav på hygienisering av råvarorna. Även mindre anläggningar, så kallade gårdsanläggningar, producerar det som kallas biogödsel även om råvarorna i dessa små anläggningar ibland enbart av gårdens egen gödsel.

Biogödsel från samrötningsanläggningar är ofta kvalitetssäkrad enligt certifieringsreglerna SPCR 120 där krav ställs på hela kedjan, från inkommande råvara till processen och färdig produkt.

Biogödseln innehåller alla de växtnäringsämnen och spårelement som finns i de råvaror som används i processen. Under processen bryts kväve ner till ammoniumkväve vilket gör biogödseln till ett snabbverkande organiskt gödselmedel som kan ersätta eller komplettera mineralgödsel.

Även innehåll av tungmetaller och andra oönskade ämnen beror på vad de ingående råvarorna innehåller. Läs mer i avsnittet om "Risker med användning".