Under biogasprocessen bryts illaluktande fettsyror ner. Hur biogödselns lukt upplevs beror på vilka råvaror som rötas och hur väl utrötningen har varit. Ett väl utrötat material luktar mindre och anläggningen bör därför sträva efter god utrötningsgrad.

I studier där man jämfört luktintensiteten vid spridning av rötad respektive orötad gödsel, luktade den rötade gödseln mycket mindre än den orötade och lukten försvann snabbare. Även lukten från lagring upplevs mindre intensiv från rötad gödsel än från orötad.

I en dansk studie från 2004 visade man hur biogasprocessen påverkade lukt och ammoniakavdunstning från gödsel. Läs mer i artikeln till höger.