Risken för spridning av ogräsfrön med biogödsel är liten. I danska studier där effekten av grobarheten efter rötning undersöktes för sju problemogräs - raps, flyghavre, åkersenap, åkerbinda, gullört, svinmålla och kanadensiskt gullris - dog samtliga vid rötning vid 50° C snabbt. Vid 37° C överlevde enstaka fröer upp till sju dagar, men dog vid en längre uppehållstid i rötkammaren. Det mest seglivade ogräset var svinmålla som hade en grobarhet på 7 % efter 7 dagars rötning vid 37° C.

Liknade resultat visar en litteraturgenomgång som genomfördes av Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) år 2012, se länk till höger.

Även hygieniseringen, där biogödseln upphettas till 70 grader i en timme, minskar grobarheten hos ogräsfröna.