Smittämnen från människor, djur, mark och växter kan förekomma i råvaror som tillförs biogasanläggningen. Det kan vara t ex bakterier, svampar, virus och nematoder. Även orötad stallgödsel kan innehålla smittor, men stallgödseln stannar oftast på den enskilda gården.

Ett större kretslopp innebär större risker. Risken bedöms, av flera skäl, ändå som liten. Dels är utgångsläget gott i Sverige, tack vare väl fungerande kontrollprogram i djurproduktionen. Dels ska smittan överleva både biogasprocessen och miljön i fält efter spridning. Om animaliska biprodukter används som råvara är det lagkrav på att dessa hygieniseras i 70° C eller behandlas på ett sätt så att bakterier avdödas.

Salmonella och E. coli anses vara de bakterier som i första hand skulle kunna skapa problem under svenska förhållanden. Tillsammans med enterokocker är de också bra indikatorer och provtas därför som ett led i kontrollen vid certifiering av biogödsel.

I en studie studerades överlevnaden av vanligt förekommande svampar i fält och på växtmaterial vid mesofil rötning (37° C). Sporer från fusarium culmorum och Botrytis cinerea överlevde mindre än 2,5 timme. Läs mer om studierna i länkarna till höger.