Med torrsubstansen i biogödsel tillförs marken kol. Detta kol omsätts i jorden och en del tar plats i det organiska materialet i markens mull. Effekten av koltillförseln med biogödsel går att spåra i ett långliggande fältförsök på Brunnby försöksgård utanför Västerås. Efter åtta år av årlig tillförsel av biogödsel var kolhalten statistiskt skild från det mineralgödslade ledets kolhalt.

I faktabladet om biogödsel har Jens Blomqvist, Agraria Ord & Jord, gjort en beräkning som visar att biogödsel påverkar kolhalten positivt på en växtodlingsgård i en 5-årig växtföljd. Vid exemplets kolhalt på 2,0 % (mullhalt 3,4–3,5 %) vid start innebär fortsatt odling på växtodlingsgården utan biogödsel att kolhalten faller, eftersom bortförseln är större än tillförseln. Med biogödsel stiger i stället kolhalten sakta, eftersom tillförseln blir större än bortförseln. Dessa positiva förändringar av kolhalten är begränsade, men kan vara betydelsefulla vid låga kolhalter i jorden.