Organiska gödselmedel innehåller generellt fler och mer mikronäringsämnen än mineralgödselmedel. Mikronäringsämnena är viktiga både för växter, djur och människor. Genom att gödsla med biogödsel tillförs viktiga växtnäringsämnen som magnesium, kalcium, zink, mangan, koppar och nickel som ibland begränsar grödornas avkastning.

Biogödsel från en samrötningsanläggning som rötar mycket slakteriavfall och gödsel innehåller mer mikronäringsämnen per ton än en biogödsel som produceras på en samrötningsanläggning där matavfall från hushåll rötas.

All mikronäring i biogödseln är troligtvis inte växttillgänglig utan en del är bundet i exempelvis det organiska materialet. Här behövs mer forskning för att klargöra hur växttillgänglig mikronäringen är.