I en polsk nyligen publicerad studie har man undersökt mängden antibiotika och resistenta bakterier/gener i rötrester från tre olika polska biogasanläggningar. Att köra ett substrat genom en biogaskammare visade sig inte vara en effektiv metod för att bryta ner dessa bakterier och gener.
Vid biogasproduktion förs en betydande del av substratens kolinnehåll bort tillsammans med biogasen. Med en ökad tid i biogaskammaren utvinns mer kol i processen och mängden kol i rötresten minskar. I två danska undersökningar har man undersökt hur ökad tid i rötkammaren för substratet påverkar mängden stabiliserat kol i marken efter att rötresten har spridits i fält.